在设立总理衙门的同时，清廷还根据对外交涉情况的变化，改设和新设了一些区域性、地方性的专门涉外职务和机构。区域性的涉外专职和机构有南洋通商大臣和北洋通商大臣两职。由于《天津条约》和《北京条约》签订后，通商口岸扩大为16处，分布于南北沿海地区，原由两江总督兼任的五口通商大臣已不能兼顾，清廷遂于上海和天津各设通商大臣的职位。原驻上海的五口通商大臣于1866年（同治五年）改为南洋通商大臣，简称“南洋大臣”，先由江苏巡抚兼任，后改由两江总督兼任。其职责是：“掌中外交涉之总务，专辖上海入长江以上各口，其闽、粤、浙三省则兼理”。驻天津的三口通商大臣（专管天津、牛庄、登州三口）于1860年（咸丰十年）设立，1870年11月12日（同治九年十月二十日）改设北洋通商大臣，简称“北洋大臣”，原为专职，后改为直隶总督的兼职。其职责为：“掌北洋洋务、海防之政令，凡津海、东海、山海各关政悉统治”。总理衙门与南北洋大臣之间虽然没有直接统辖的关系，不能直接指挥其行政，但亦具有咨询、传达和审核的权限。如南洋大臣，“凡交涉之事，则督所司理之，待其上以裁决，疑难者则咨总理衙门，大事则奏闻；凡税钞，则稽察之，按结汇其册以奏销，仍分咨总理衙门及户部以备核，其支销者，亦如之”。北洋大臣与总理衙门的关系亦相同。