这些文化社团，凡是规模较大的，都是由几个较小的社团合并而成。而各小规模社团成员的组成基本上又以区域为范围，社事分工也常以区域为单位，并具有相对独立性。在某些情况下，为了特殊需要，一些小社团也联合组成跨地区的社团，如十郡大社涉及江、浙两省范围，国门广业社则涉及浙江、江苏、安徽、江西、河南等地，复社则由江苏的太仓、松江等七郡，扩展到浙江、安徽、江西、福建、湖广、贵州、山东、山西、河南等省。因此，他们的书院，也就具有鲜明的地域化色彩。
书院教育的官学化　由于明代学校教育是服务于科举制度的，所以科举这根指挥棒必然要制约书院的教学。书院讲学旨在传播新的学术思想，但如果生徒修业后不能中举，便会受到非议和冷落。如阳明心学广泛传播的江西地区，因“念丰邑历科七，未有荐者”[20]，大理寺卿宋仪望便议改建学宫。又杨守勤《赣县新建儒学碑记》中载：“赣素产清明有道之士，自王文成昭揭圣修，倡学兹土，至今士品为他邑冠。乃举制科者往往逊他邑，青衿诧语‘祀弗专与？文弗耀与？抑赭恶不满于景纯之目也？’”[21]这虽未明确将王学的传播视为当时赣县科举不佳的原因，却也在一定程度上表明王学的确没有推动当时江西的科举，甚至可能对科举还有一种反作用。因此，历代书院的导师虽不提倡生徒习学举业、参加科举考试，但也不表示反对。如王守仁即表示：诸子学习举业，并不妨碍个人修为之功，只是容易使诸子失去修为之志。如果按照书院的学规循序渐进，举业与修为当并行不悖，互不妨碍。湛若水也不反对生徒参加科举考试。他在大科书院讲学时，为该书院所订堂训便规定：生徒不要把进德修业与举业当成两件事，科举是圣代制度，诸生如不遵行，修习举业，就是违反了天理。他既强调生徒不得荒废举业，又要求生徒不得以举业为目的。万历末年以后，很多书院更鼓励生徒参加科举考试，书院也一直要求享有参加乡试的名额，于是出现了“书院科举”的名目。如白鹿洞书院原规定有洞学科举二名，每遇大比之年，这二名生徒可与地方儒学生员一起参加乡试。后来，白鹿洞书院乡试的名额增至五名。天启时，白鹭洲书院拥有42名乡试名额，于是白鹿洞书院要求将乡试名额增至10名。另外，白鹿洞书院为了鼓励生徒参加科举考试，还发给生徒路费银70两，资助贫穷的生徒应试。这样，书院因拥有了参加乡试的名额，就与府州县学没有什么重大差别，书院教育官学化已十分明显。到了明末，地方学校只重举业的弊端也在部分书院中显示出来，书院的教育日益受到科举制度的控制。