南北新旧的裂痕，既日益显著。袁世凯乃于六月中，下令免柏文蔚、李烈钧、胡汉民之职。于是李烈钧以七月十二日起兵，称讨袁军。安徽、湖南、福建、广东，相继俱起。黄兴亦入南京。陈其美又起兵于上海。[3]袁世凯早有布置。命李纯扼守九江，郑汝成守上海制造局。这时候，又派段芝贵、冯国璋率军南下，而以倪嗣冲为安徽都督，龙济光为广东都督，张勋为江北宣抚使。安徽、江西、广东、南京、上海，均因兵力薄弱失败。湖南、福建两省，则自行取消独立。二次革命遂告失败。
《临时约法》第五十四条，以制定宪法之权，属之国会。《大总统选举法》，本宪法的一部分。二次革命之后，乃有先举总统，后制宪法之议。于是由宪法会议，将《大总统选举法》，先行议决公布。十月六日，开总统选举会。有自称公民团的，包围议院，迫令当天将总统选出。投票三次，袁世凯乃当选为大总统。次日，又选举黎元洪为副总统。[4]袁世凯于十月十日就职。
袁世凯就职后，两次通电各省都督、民政长，反对国会所定《宪法草案》。十一月四日，又称查获乱党魁首和议员往来密电。遂下令解散国民党。凡国会议员，籍隶国民党的，一律追缴证书、徽章。旋又下令：各省省议会，也照此办理。籍隶国民党的候补当选人，亦一律取消。议员缺额，无从递补，国会遂不能开会。