第三，课程设置注重根据院校特色进行设置。课程设置是教育系科人才培养规划的具体体现，对人才培养质量、教育系科的发展都有着重要影响。1989年《高等学校教育系教育专业改革的意见》进一步拓展了教育系科的课程设置，指出教育系科应该把教育原理、教育社会学、教育史、教育心理学及教育研究方法和技术，作为各专业的专业基础课。同时，教育系科还需要切实加强教育统计、教育测量、教育评估、教育哲学、比较教育、教育经济学、教育人类学等课程的开设。同时，一些教育系科改变了20世纪80年代初期“划专业为牢”“划系为牢”的问题，开始淡化专业、强化专业基础教育。例如华东师范大学教育系，学校教育、学前教育和教育管理3个专业的专业基础课程已经全部统一起来；北京师范大学则改专业为专业方向，由教育基本原理、教育学、心理学、教育研究方法等课程群构成各专业方向统一的核心基础课程。另外，逐步开始落实学生在教育中的主体地位，增加选修课的比例，提供更多自由选修课程的条件，强化、优化选修课程。①
我国教育系科除了在专业基础课程和选修课程方面共同的一些努力之外，一些具有优良传统的教育系科开始根据自己学校的传统设置独具特色的课程。北京师范大学注重教育科学理性精神的养成，在其课程中结构中，以“教育基本原理”为核心，结合“文化基础课”类、“教育史”类、“心理学”类和“教育研究与技术”等学科课程，构建了各专业的专业基础课程群。其中，“教育一般原理”“德育原理”“教学论”等教育基本原理类课程多达26个学分，占到课程学分总数